아펜젤러는 동료 선교사들과 함께 마가복음부터 요한계시록까지 '단편신약성경'을 번역 출판했고, 이를 토대로 1900년 [신약젼셔]를 발간했다. 그는 1902년 6월 서천군 마량진 서쪽에 위치한 어청도 인근에서 순직하였는데, 당시 성서번역 일로 목포로 가던 중이었다. 아펜젤러의 희생과 헌신은 성서번역의 역사 속에, 또한 오늘날 우리가 보는 성서 속에 담겨져 있는 것이다.

1887년 아펜젤러는 언더우드(H. G. Uderwood)와 함께 「마가의 젼한 복음서 언해] 를 번역하였다. 아펜젤러 언더우드가 내한하기 전 일본에서 입수한 이수정의 [신약 마가전복음서언해] (1885년)를 수정하여 출판한 것으로 국내 최초로 번역된 복음서다.

아펜젤러의 교육선교는 이겸라, 고영필 이라는 학생을 가르치면서 시작한 1885년 8월 3일부터지만, 본격적인 교육은 1886년 4월부터다. 이때 고종으로부터 '영어 학교' 설립허가를 받았기 때문이다. 아펜젤러는 1887년 2월 21일 고종으 로부터 "유능한 인재를 기르는 집'이라는 의미의 '배재학당'이라는 이름을 받았다.
당시 정부는 영어 통역관을 필요로 했고, 청년들은 영어를 잘 하는 것이 '벼슬 을 얻는 수단'이라고 생각했다. 그래서 청년들은 영어를 배울 수 있는 배재학당에 입학하려 했고, 그 결과 학교를 연지 1년 만인 1887년 6월 현재 출석 학생 수가 38명에 달했다. 학생 수가 늘어남에 따라 교사를 건축하였다.